Το σχολείο από το 1972 ως το 1979, περίοδο κατα την οποία τα σχολεία δεν ήταν μεικτά, λειτούργησε ως Τρίτο Γυμνάσιο Θηλέων και στεγάστηκε στο συγκρότημα της Λεωφόρου Δημοκρατίας.Στις 25/8/1979 μετονομάστηκε σε 5ο Γυμνάσιο Ηρακλείου και λειτούργησε με δύναμη 546 μαθητών. Στις 3/9/1979 μεταστεγάστηκε στο κτήριο του Πρώτου Οικονομικού Λυκείου στην οδό Δουκός Μποφώρ. Την 1/9/1998, τέλος, απέκτησε το δικό του κτήριο στην οδό Παπα-Πέτρου Γαβαλά 64, όπου συστεγάζεται με το 11ο Γενικό Λύκειο.
Στο σχολείο σήμερα λειτουργεί μια από τις 500 σχολικές βιβλιοθήκες που λειτούργησαν  πανελλαδικά και δημιουργήθηκαν στα πλαίσια του προγράμματος "Επιχειρησιακό Πρόγραμμα Εκπαίδευσης και Αρχικής Επαγγελματικής Κατάρτισης".Στα πλαίσια άλλωστε του ίδιου προγράμματος το σχολείο μας συμπεριλήφθηκε ανάμεσα στα 385 σχολεία όλης της χώρας που εντάχθηκαν στο πρόγραμμα "Οδύσσεια",με αποτέλεσμα να διαθέτει σήμερα ένα πλήρως εξοπλισμένο εργαστήριο υπολογιστών και πολλούς και αξιόλογους τίτλους εκπαιδευτικού λογισμικού, που αξιοποιούνται καθημερινά στη διδακτική διαδικασία με θετικά αποτελέσματα.Το σχολείο διαθέτει ακόμα αίθουσα τεχνολογίας,εργαστήριο φυσικών επιστημών και αίθουσα πολλαπλών χρήσεων.